Los delegados de las comunidades indígenas del Putumayo que asistieron al taller de Mocoa definieron algunos conflictos que se pueden agrupar en torno a los siguientes temas: minero energético, hidrocarburos y cultivos de uso ilícito. En los aspectos minero energéticos se destacaron los siguientes casos: minería en la cuenca alta del río Mocoa, por la empresa Libero Cobre. Se señaló que este CSA pone en riesgo los ecosistemas de montaña y las fuentes hídricas, afectando el resguardo Inga Condagua, además la casa de sanación tradicional y los salados Nukanchi Vasi Yaku. Para los participantes, la minería es una problemática en todo el departamento, pero sin detallar específicamente, mencionaron afectaciones en el municipio de San Miguel y el corregimiento de Jardines de Sucumbios (Ipiales), que afectan directamente al pueblo Awá. Igualmente, los participantes expresaron que en el municipio de Puerto Leguízamo existe explotación minera por particulares, sobre el río Caquetá en la frontera con el departamento de Caquetá, también en el río Caucaya, y en el río Putumayo. En cuanto a la minería ilegal, se hizo mención de esta actividad en el municipio de Puerto Guzmán en especial en las áreas de Pacayaco, Socorro, medio Mandur.

 En cuanto al tema de hidrocarburos, se mencionó la existencia de conflictos por los procesos de exploración y explotación en los municipios de Orito, Villagarzón, Puerto Asís y Valle del Guamuez. Por otra parte, en relación con los cultivos de uso ilícito, los participantes identificaron que los municipios donde predomina esta problemática son los municipios de: Puerto Leguízamo, Puerto Asís, Orito y La Hormiga, mencionaron en particular la existencia de estos cultivos a lo largo del río Putumayo.

Otros de los conflictos que manifestaron los participantes, hicieron referencia a los temas relacionados con la necesidad de ampliación de resguardos, y algunos conflictos que se viven al interior de los mismos. Por ejemplo, surgió el caso de falta de territorio en el resguardo Kamëntsá de Villa Garzón, vereda Guineo. También se manifestó la problemática de los grupos armados al margen de la ley, y sus afectaciones al pueblo Siona, aunque no se señaló el lugar de la problemática. Adicionalmente, se hizo mención del aumento de la ganadería extensiva en el municipio de Puerto Guzmán, principalmente en las veredas de Brasilia, Palmas del Yurilla, Perlas y Galilea.

Las instituciones de Estado de Mocoa señalaron en el taller que hay 96 proyectos que incluyen el sector de hidrocarburos, energía e infraestructura en el Putumayo. Respecto al tema de infraestructura mencionaron que uno de los proyectos que ha generado CSA es  la construcción de la variante San Francisco-Mocoa, expresaron que hubo falta de información y concertación con las comunidades, quienes han manifestado su inconformidad y han expresado la ausencia de espacios de participación. También expresaron que este conflicto causa deforestación, pérdida de biodiversidad y transformaciones del paisaje.

En el sector de hidrocarburos señalaron el llamado conflicto de “Operaciones de la Gerencia Sur” en Puerto Caicedo, Puerto Asís, Orito, San Miguel y Valle del Guamuez, entre los principales impactos están: las afectaciones a las fuentes hídricas y problemas de ruido. Una de las problemáticas destacadas fue en el municipio de Puerto Asís en el corredor de las veredas Puerto Vega-Teteyé. Además, se señalaron impactos ambientales en los municipios de Villa Garzón, Puerto Guzmán y Piamonte (Cauca), los impactos son principalmente de contaminación de fuentes de agua y suelos.

Por otra parte, en el Municipio de Orito indicaron que hay riesgo derivado del establecimiento de cultivos de uso ilícito en la vereda el Líbano, que a su vez, está asociado a procesos de deforestación, en especial en la zona de amortiguación del área protegida SFPMOIA (Santuario de Flora Plantas Medicinales Orito Ingi-Ande). También se indicó la presencia de cultivos de uso ilícito, procesos de deforestación y cambios en el uso del suelo en el Valle del Guamuez. Adicionalmente, los cultivos de uso ilícito se presentan en la vereda Piñuña Blanco y Puerto Vega del municipio de Puerto Asís. Por su parte, en el municipio de Mocoa hay cultivos de este tipo en las veredas Mandiyaco, Condagua, y San Joaquín. Se manifestó que los cultivos de uso ilícito y su impacto socioambiental se presentan en toda la subregión del bajo Putumayo.

En cuanto a la actividad minera, los participantes indicaron la extracción minera realizada por Libero Cobre en la vereda Montclar del municipio de Mocoa. Respecto a la minería ilegal de oro, señalaron las veredas de Santa Lucía, Jauno, Oroyaco del municipio de Puerto Guzmán y, su afectación en los ríos San Pedro, Sardinas, Mandur y Caquetá. Asimismo, se señaló minería ilegal de oro en la vereda El Placer en el municipio de Villagarzón y la vereda El Júpiter presencia de esta actividad dentro del cinturón entre Villagarzón, Mocoa y Puerto Caicedo. Sobre la minería aluvial de oro se hizo mención principalmente de los ríos Caquetá y Putumayo, así como la cuenca del río San Pedro en el municipio de Colón. En estos corredores fluviales se señaló la presencia de balsas y dragas cuyo impacto es el vertimiento de mercurio en las fuentes hídricas, en especial en el corredor de Puerto Guzmán hasta la Tagua. Entre las problemáticas de la minería ilegal y aluvial de oro, confluyen los actores armados al margen de la ley, procesos de descomposición social y cambio cultural de las comunidades indígenas que se están dedicando a este tipo de minería.

En lo que respecta a los CSA asociados al recurso hídrico, los participantes indicaron la constante inundación y deslizamiento en el Alto Putumayo en los municipios de Sibundoy, Colón y San Francisco, derivado de la ausencia de un manejo adecuado de las aguas en el distrito de drenaje. Respecto a la contaminación de fuentes hídricas, lo que señalaron es que hay impactos del río Naboyaco, por el vertimiento de residuos sólidos domésticos, desechos de animales muertos, y vertimiento de aguas residuales generadas por marraneras. Asimismo, se señaló el manejo inadecuado de residuos sólidos en el municipio de Mocoa, en la vereda Medio Afán, zona donde está ubicado el relleno sanitario. También se señaló la ocupación de humedales en la zona urbana del Municipio de Puerto Asís para la construcción de viviendas. Finalmente, se mencionó los impactos de la disposición de aguas servidas y residuales en las cabeceras de los municipios de Mocoa, Villagarzón, Puerto Guzmán, río Mocoa, Caquetá y Guineo. 

Respecto al tema de la ganadería, se destacó la vereda Alto Lorenzo del municipio de Puerto Asís como una zona de alta presencia pecuaria. Asimismo, se hizo mención de esta problemática en el municipio de Puerto Guzmán, especialmente en las veredas de José María, Mayoyoquey y el Gallinazo. También en Puerto Leguízamo se destacó la expansión de la frontera pecuaria y su relación con procesos de deforestación. Finalmente, se mencionaron las actividades agropecuarias dentro del Parque Nacional Natural Serranía de los Churumbelos – Auka Wasi en los municipios de Mocoa y Piamonte. De otro lado, se señaló que la falta de regularización de los procesos de acceso a la tierra es una problemática general del departamento. 

Los delegados de las organizaciones campesinas y otros representantes de la sociedad que estuvieron en el taller, identificaron CSA asociados a los hidrocarburos por contaminación de fuentes de agua en la batería Colón ubicada en el municipio de San Miguel, municipio cuya área está dentro de un bloque de hidrocarburos en estado de exploración. Por su parte, en el municipio de Puerto Asís se señalaron pasivos ambientales y contaminación de fuentes de agua derivados de la actividad petrolera en los corredores Caleras y Puerto Vega-Teteyé.

Por otra parte, hay una problemática de cultivos de uso ilícito en el bajo Putumayo, que reúne procesos de deforestación (quema de bosque), falta de presencia estatal, ausencia de oportunidades económicas y presencia de grupos armados ilegales. Los cultivos de uso ilícito se señalaron principalmente en los municipios de Villagarzón y San Miguel. 

En cuanto a los temas de minería, se hizo mención especial de la cuenca alta del río Mocoa, así como minería de tipo artesanal de extracción de balastro sobre el río en San Miguel, en las veredas Tres islas, Betano, Palmira, Mandur y en río Valle del Guamuez y San Miguel. 

Por su parte, en la subregión del medio Putumayo, en el municipio de Villagarzón, se señaló el mal manejo de residuos sólidos, así como la construcción del relleno sanitario. Otro de los conflictos identificados fue el manejo del Distrito de Riego en Sibundoy. En el aspecto de infraestructura se destacó nuevamente el tema del proyecto perimetral Sibundoy-Mocoa.