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El municipio de San José de Fragua cuenta con un área aproximada de 1.345,3 km2, de los cuales cerca del 30%, localizados en el paisaje de cordillera por encima de los 900 msnm, pertenece a la Reserva Forestal de la Amazonia creada por la Ley 2ª de 1959; sobrepuesto a esta área y con una cobertura aproximada al 50% del municipio se encuentra el Parque Natural Nacional Alto Fragua Indi Wasi (Corpoamazonia, 2022). Adicionalmente dentro del territorio del municipio se encuentra parte de tres globos de terreno reservados por la Agencia Nacional de Hidrocarburos – ANH para el desarrollo de actividades de exploración y explotación de los mismos, uno de estos globos de terreno coincide dentro del área del Parque Nacional Indi Wasi y de la Reserva Forestal, los otros dos se localizan sobre áreas que ya fueron sustraídas de la reserva forestal para propiciar el asentamiento de las poblaciones localizadas en el Piedemonte y la Llanura Amazónica, y el establecimiento del Distrito de Conservación de Suelos y Aguas del Caquetá (Corpoamazonia, 2022). La región se caracteriza por su riqueza hídrica, pero también por altas tasas de deforestación relacionadas con actividades como la siembra de cultivos de uso ilícito y la minería. 

La oferta hídrica del Municipio está representada por una importante red hidrográfica que hace parte de la cuenca de los ríos Caquetá y Orteguaza. Los principales afluentes del río Caquetá son: ríos Fragua Grande, Zabaleta, Fraguita y Yurayaco, y los del río Orteguaza: Fragua Chorroso y San Pedro. Estos ríos y sus afluentes nacen en la cordillera Oriental, por tanto, son ríos de origen andino – amazónicos. Por transcurrir a través de paisajes de montaña, arrastran consigo gran cantidad de sedimentos que son depositados en las partes bajas cuando descienden a los valles aluviales. Estos ríos descienden de la cordillera con gran velocidad de flujo debido a la fuerte inclinación de las pendientes, por lo que presentan una alta torrencialidad en sus partes altas formando patrones de drenaje erosional. En el lomerío amazónico nacen algunas quebradas afluentes de estos ríos, y que se alimentan del agua que fluye de manera subterránea desde la cordillera. (Alcaldía San José de Fragua)

En un estudio de caso sobre San José de Fragua y la minería ilegal de la Universidad del Rosario (Romero,  2020) se expone que, la industria minera en Colombia se ha desarrollado principalmente de manera informal sin una clara regulación oficial, especialmente a finales del siglo XIX se consideraba como un elemento relevante en la economía del país. Es en el siglo XX, que se crean las primeras políticas municipales para promover la minería artesanal a pequeña escala.  En 2001, la Ley 685 expidió el Código de Minas, con los lineamientos para regular la minería por parte del Estado. Dicha ley resalta que “todos los minerales de cualquier clase y ubicación, yacentes en el suelo o el subsuelo, en cualquier estado físico natural, son de la exclusiva propiedad del Estado” (Ley 685 de 2001), por lo que para llevar a cabo cualquier tipo de exploración o explotación se debe contar con un título otorgado por la Agencia Nacional de Minería” (Romero, 2020). De esta manera el Estado central, es el encargado de la administración, regulación y fiscalización de esta actividad la minería. “Igualmente, a partir de ese momento se dan una serie de esfuerzos para crear herramientas de formalización y sistematización de los mineros artesanales o tradicionales existentes, con el objetivo de diferenciarlos de los pequeños y medianos explotadores informales y de los mineros ilegales”.  

Romero (2020) señalan la importancia de la expedición de la ley 1892 de 2018, por medio de la cual el Congreso de Colombia dispuso eliminar el uso del mercurio en la minería a 2018 y en la industria a 2023. Así mismo, a través de la Ley 1892 de 2018, el Congreso “aprobó el Convenio de Minamata sobre el Mercurio y, por medio de la Sentencia C-275/19, la Corte Constitucional declaró exequible su contenido, señalando que las cifras advierten que se trata de un desafío inconcluso para el Estado colombiano, del cual todavía dependen miles de familias, inmersas en complejas dinámicas de violencia, contaminación, exclusión y pobreza”(Romero, 2020). 

El conflicto se da en torno a la extracción informal de oro tanto en veta como en aluvión, en al menos once lugares de algunas veredas de San José del Fragua, municipio cercano al Parque Nacional Natural Alto Fragua Indi Wasi. Para la extracción se utiliza maquinaria o mini dragas, así como mercurio que genera contaminación de las fuentes hídricas. La minería está ligada a cultivos de uso ilícito, pues estas economías se alternaron históricamente en el municipio (Romero,2020) Quienes antes se dedicaban a cultivos de coca después de la firma de los Acuerdos de Paz y de la implementación del Programa Nacional Integral de Sustitución de Cultivos Ilícitos – PNIS han encontrado en la minería una opción de subsistencia. 

La posición de la comunidad sobre la minería no es unánime (Semana Rural, 2019). Quienes desarrollan esta actividad la defienden por ser una fuente importante de ingresos para su subsistencia y argumentan que esta actividad no genera más contaminación que la exploración y explotación petrolera realizada por Pacific Rubiales, de manera legal, en el mismo municipio. En contraste otro sector de la comunidad señala la contaminación hídrica y ambiental por minería. Ambas posturas se han puesto en la agenda pública mediante divulgación en medios de comunicación.

La Fuerza Pública, junto a la Fiscalía General y otras instituciones, han implementado operaciones en contra de esta actividad, incluyendo la destrucción de maquinaria, captura de personas y el inicio de investigaciones penales por delitos ambientales (Romero, 2020; Fiscalía, 2022). En este sentido se realizaron operativos militares y procesos judiciales para detener las actividades de explotación de oro y el uso de mercurio, es el caso de la vereda la Cristalina. Respecto a la contaminación ambiental se ha denunciado contaminación por mercurio en ríos como el Zabaleta, fuente hídrica local utilizada para la pesca y para actividades recreativas (Semana Rural, 2019). También se señala pérdida de fauna acuática por la contaminación y la formación de lodos. Debido a su cercanía con el PNN Alto Fragua Indi Wasi se considera una actividad que pone en riesgo la conectividad de ecosistemas.

Como concluye (Romero,2020) en su estudio sobre los desafíos del Estado Colombiano al aprovechamiento ilícito de oro y los cultivos de uso ilícito en San José de Fragua, existen pocos estudios y poca documentación oficial frente a esta actividad de economía ilícita. Frente a los impactos, evidencia las afectaciones por deforestación y el vertimiento de mercurio como los principales impactos ambientales. Frente a los impactos sociales, la expresión de conflictos por la explotación minera y los cultivos de uso ilícito, la llegada de grupos armados y el aumento de la violencia, especialmente una vez las FARC firmaron el acuerdo de paz y el consecuente ingreso de otros grupos armados que luchan por el control de las economías ilícitas. Las disidencias de la FARC controlan las economías ilegales en la región y cobran un impuesto por la producción de oro en las minas de aluvión de San José de Fragua (Parra, 2024). La tensión en la zona ha ido aumentando, ante la posibilidad de la llegada de otro grupo, los llamados Comandos de Frontera, que hacen parte de la Segunda Marquetalia, otra de las disidencias de las FARC, y que mantiene una guerra declarada contra el ECM en varias zonas del país (Parra, 2024). Sobre esta zona la Defensoría del Pueblo ha estado generando informes de seguimiento de las alertas tempranas (Defensoría, 2024) e igualmente en el 2025 sigue siendo una zona que la Defensoría sigue incluyendo dentro de los reportes de Alertas Tempranas (Defensoría, 2025). 

Si bien con la firma del Acuerdo de Paz (2016) cambiaron las dinámicas de control que los actores armados ejercían sobre estas dos economías y se establecieron planes y proyectos para lograr una transformación integral del territorio y la sustitución total de los cultivos de uso ilícito, los compromisos del gobierno no fueron aceptados por todos los productores, y quienes sí se vincularon a las iniciativas no han recibido los subsidios y apoyos a tiempo. Con demoras de más de un año en la implementación de programas como el PNIS, muchos campesinos cultivadores han optado por volver a las siembras ilícitas, mientras que otros se han trasladado a la actividad de extracción de oro.

A esta situación se suma que se ha estado registrando un aumento de la minería en San José de Fragua y su vecino municipio de Belén de los Andaquíes (Parra, 2024) que coincide con la crisis que vive el negocio de la producción de cocaína en Caquetá y Putumayo. Aunque los cultivos de uso ilícito ocupan amplias extensiones del piedemonte y de la sabana amazónica alrededor del río Caquetá y sus afluentes, el precio de la base de coca o pasta básica de cocaína ha caído y muchas personas, que no tienen otra forma de ganarse la vida, han encontrado en la extracción de oro una fuente de subsistencia. “Aquí los que se imponen son los grupos armados y controlan casi todo, ellos imponen el precio del oro, las horas en las que podemos movernos. No hay mucho de qué vivir, entonces si uno es joven trabaja en la minería, o termina reclutado, por eso muchas familias prefieren irse”, dice un líder de juventudes de la región (Parra, 2024). En esta misma publicación se señala que según la base de datos de la Agencia Nacional de Minería, hay 402 solicitudes de legalización de títulos mineros en el Caquetá, 394 en Solano y ocho en San José de Fragua.

Los Nükak son un pueblo indígena nómada que tradicionalmente ha habitado la zona de interfluvios de los ríos Guaviare e Inírida, en lo que corresponde al norte y nororiente del departamento del Guaviare. Se tiene conocimiento de su presencia en la región desde acercamientos iniciales de los indígenas con población colona en 1963 y con grupos misioneros que llegaron allí en la década de 1970 (Cabrera, 2021). Sin embargo, la fecha “oficial” del encuentro de los Nükak con la sociedad mayoritaria y con el estado colombiano es 1988, cuando un grupo de indígenas, en su mayoría mujeres y sus hijos, llegó al municipio de Calamar, Guaviare. Las versiones sobre este contacto varían e indican que se debió a que los indígenas buscaban atención médica por el contagio de enfermedades respiratorias, a que se vieron acorralados por el avance de la colonización cocalera y enfrentamientos entre actores armados ilegales, o a que huían de las retaliaciones de algunos colonos por el robo de un niño mestizo (Peña, 2021; Cabrera, 2020).

Desde entonces, el contacto con la sociedad mayoritaria se difundió entre los distintos núcleos de la población Nükak. Este acercamiento ha tenido diversas consecuencias en procesos de cambio cultural (Mincultura, 2012; Mahecha y Franky, 2011). Entre ellos está la transmisión de enfermedades, el debilitamiento de redes de parentesco y de reproducción cultural, el asentamiento en entornos urbanos en condiciones de precariedad, o la reducción de la movilidad y de usos e interacciones con la naturaleza. En 1993 fue establecido el Resguardo Nükak al nororiente del Guaviare y cuatro años después se le hizo una ampliación, con el fin de contrarrestar estas problemáticas que ponían en riesgo la identidad cultural y la característica nomádica de los Nükak (INCORA, 1993); además, el caso había ganado atención nacional e internacional por tratarse de un grupo nómada con mínimo contacto previo (El Tiempo, 1993). 954.480 hectáreas constituyen el resguardo, pero en las últimas dos décadas los Nükak solo lo han habitado parcialmente o en sus fronteras, o no lo han habitado en general, puesto que han sido desplazados hacia San José del Guaviare y sus inmediaciones (Corte Constitucional, 2012; El Tiempo, 2022; Unidad de Víctimas, 2024).

El desplazamiento de los Nükak obedece a varias presiones que se fueron sumando sobre ellos y su territorio. Por un lado, desde la década de 1980 la colonización de las planicies del Guaviare por parte de población mestiza proveniente de los llanos y la región andina llegó a un punto en el que interrumpió sus dinámicas espaciales nómadas, en especial en el sector occidental del resguardo. En la década de 1990, el avance de cultivos de uso ilícito y del conflicto armado en el mismo sector limitó aún más la movilidad de los indígenas (Mahecha, et. al., 2011). En el sector oriental del resguardo, el asentamiento de la misión religiosa The New Tribes conocido como Laguna Pavón II se convirtió en un polo de dependencia para los tránsitos, consumos y la salud de los indígenas. Después de la salida de la misión en 1996, esta dependencia de los núcleos Nükak del sector condujo a que buscaran en asentamientos colonos las ayudas que antes recibían de su parte, a lo largo de los ríos Guaviare o Inírida o de las redes de trochas que se estaban expandiendo (Mahecha y Franky, 2015).

Las dinámicas espaciales de los Nükak consisten en la movilidad de núcleos o grupos locales de varias familias en circuitos que conocen y que han adaptado para atender sus necesidades alimentarias. A lo largo de los circuitos siembran jardines o chagras de distintas plantas como frutales y tubérculos e intervienen procesos naturales para atraer la presencia de fauna para la caza (Cárdenas, D y Politis, G, 2000). Las necesidades y posibilidades de recolección, caza y pesca marcan los ritmos de los movimientos de los Nukak en este circuito. Se han registrado usos de alimentación y de producción material para más de 120 especies vegetales (Cabrera, 2022). Este amplio conocimiento del manejo del entorno ha sostenido una dieta y cultura material diversas en los Nükak, pero depende del acceso a grandes áreas de selva y corredores biológicos para su sostenibilidad. Se ha estimado que los grupos locales Nükaks al interior del resguardo solían establecer hasta 80 campamentos residenciales al año, con una permanencia promedio de 3 a 8 días y a distancias de 4 a 10 kilómetros uno del otro, desde los cuales grupos domésticos, menos numerosos y conformados por parientes directos, hacían exploraciones para encontrar recursos (Politis, 1996). Completar un circuito podía tomar hasta tres años, y cada grupo local, de 13 identificados en el resguardo según distintas fuentes, tenía uno determinado.

La terminación muno significa gente de y designa a los grupos locales según su ubicación geográfica en el resguardo. Los más grandes han sido Wayari muno, que es “gente del Guaviare”; Mipa muno, “gente del Inírida” y Meu muno, “gente de las cabeceras de los caños o de la coronilla”, que corresponden a los sectores norte, sur y a la divisoria de aguas de las cuencas del Guaviare e Inírida, en la zona central del resguardo, respectivamente (Mahecha et. al, 2011). Mauro muno es el nombre que ha recibido el Consejo de Autoridades Tradicionales del pueblo Nükak que engloba a los 13 grupos locales e interactúa con la institucionalidad estatal (Akubadaura, 2021).

La expansión de la colonización campesina dirigida y espontánea, de cultivos de uso ilícito, de monocultivos legales, de redes de trochas, de ganadería extensiva, de deforestación y del conflicto armado, son presiones simultáneas sobre los indígenas y el medioambiente. Las afectaciones a estas dinámicas espaciales nómadas han llevado a interrupciones y desequilibrios que resultan en procesos de sedentarización, dependencia y desplazamiento forzado, además del aumento de tensiones entre actores civiles como campesinos colonos e indígenas (Barbero, 2015). La explotación de hidrocarburos se planteó a inicios de la década de 1990 pero nunca se materializó (CNMH, 2019).

Los episodios de desplazamiento hacia San José del Guaviare iniciaron en 2002 con la intensificación de acciones violentas, producto de la entrada de grupos paramilitares que disputaban el control territorial sostenido por las extintas FARC durante décadas en la región (Cabrera, 2021). El frente 44 de las FARC regulaba las actividades ilegales desde la década de 1990, pero el avance paramilitar en el cambio de siglo llevó a que se refugiaran en las zona oriental del resguardo, lo cual motivó el desplazamiento paulatino de las comunidades locales de esa parte hacia la occidental y eventualmente fuera del resguardo. Las numerosas minas antipersona plantadas a lo largo de corredores estratégicos al interior del resguardo son una de las consecuencias de estas disputas territoriales, y actualmente son uno de los principales obstáculos para la realización de programas relacionados al retorno de los indígenas (Mongabay, 2016). La creciente presencia de actores armados que se identifican como disidencias de las FARC aleja la posibilidad de retorno y obstaculiza el control de autoridades ambientales frente al avance del cultivo de palma de aceite y de carreteras (Mongabay, 2024).

De 2002 a 2008 investigadores han registrado siete movimientos de desplazamiento de distintos grupos locales desde los sectores occidental y oriental del resguardo. Según los registros, 235 personas fueron desplazadas, lo que correspondía al 35% de la población total Nükak del momento (Mahecha et al., 2011). Los procesos de registro de víctimas realizados por la Unidad de Víctimas, por otra parte, suman otros episodios en los cuatro años siguientes que hablan de más de 600 víctimas adicionales de desplazamiento (Unidad de Víctimas, 2024). En la mayoría de los casos, los procesos de retorno han sido insatisfactorios porque en algunos sectores del resguardo no hay garantías de seguridad por presencia de actores armados ilegales y de campos minados (Mongabay, 2016), o porque afectaciones medioambientales han llevado a la interrupción de las dinámicas territoriales de los Nükak, lo cual ha hecho insostenibles formas tradicionales de habitabilidad en el resguardo (Barbero, 2015). En vista de esta situación, la Corte Constitucional ha declarado desde 2009 que los Nükak son una de las poblaciones étnicas en riesgo de extinción por el desplazamiento y el conflicto armado. A pesar de que en distintas instancias ha ordenado acciones para mejorar las condiciones de los indígenas y el resguardo (sentencia T-025 de 2004, auto 004 de 2009, auto 173 de 2012, auto 827 de 2023), el auto de seguimiento más reciente reconoce que los avances institucionales han sido limitados para atender la situación (Corte Constitucional, 2023).

Las cifras de la población Nükak han sido variables. Se calcula que el 40% de la población murió en los cinco años posteriores al encuentro de 1988 (Cabrera, 2021). En la década de 1960 se estimaba una densidad poblacional mayor a lo que se constató en décadas siguientes, pues en 1988 se hablaba de 700 a 1000 indígenas. A mediados de los noventa y durante inicios de la década del 2000 las cifras bajaron a 400 o 500 personas según algunas fuentes (Politis, 2006), aunque el censo de 2005 hace referencia a 1080 personas que se identificaban como Nükak (Mincultura, 2010). Las cifras actuales fluctúan entre estas aproximaciones (Cabrera, 2021; URT, 2023). Según registros de hace una década, en ese momento menos del 2% de la población total superaba los 50 años de edad y el 80% era menor de 30 (Mincultura, 2012), lo cual pone en riesgo la capacidad de reproducción cultural de la sociedad Nükak.

Sumado a lo anterior, el desplazamiento y el asentamiento en cabeceras urbanas ha generado procesos de bilingüismo en poblaciones jóvenes Wayari muno y Meu muno que no han tenido la oportunidad de habitar el resguardo bajo los modos tradicionales de vida. El aprendizaje de español ha sido incentivado por entidades estatales pues facilita la comunicación con los Nükak, que durante décadas ha sido de los principales obstáculos en la relación entre indígenas y estado, pero también ha generado tensiones al interior de algunos grupos locales porque hay disputas generacionales por la legitimidad y representación de grupos y personas en estas instancias (Cabrera, 2020). Además, hay problemáticas por la incomprensión de los modos de organización social y de gobernanza al interior de la sociedad Nükak desde la institucionalidad, lo cual se traduce en que los mecanismos de participación y toma de decisiones propuestos no se relacionan con el contexto y fallan en sus objetivos (FCDS, 2022; Mahecha y Franky, 2015). Estas diferencias en la comprensión de los modos de vida social que evidencia la relación entre estado e indígenas Nükak han resaltado las dificultades de atender a un grupo en contacto inicial y de implementar el enfoque diferencial de acción sin daño.

El desplazamiento Nükak hacia San José del Guaviare, El Retorno, Mapiripán y las inmediaciones de otros municipios cercanos ha acarreado una asimilación problemática a sus nuevos entornos. En los lugares de recepción los Nükak han conformado pequeñas colonias expuestas a las condiciones más precarias de sus nuevas locaciones. Problemas de orden psicosocial como abuso sexual, prostitución, consumo de sustancias psicoactivas, indigencia y mendicidad se han vuelto recurrentes en una parte significativa de la población joven, además de afecciones a la salud generadas por cambios en la dieta y patrones de movilidad (Cambio, 2023; El Espectador, 2023, El Espectador, 2023a). En la actualidad, las investigaciones consideran que todos los grupos locales de los distintos sectores del resguardo han tenido contactos con los kawene (personas blancas/mestizas) y con procesos de desplazamiento dentro del resguardo o hacia las afueras de éste, que es el caso de la mayoría; y señalan que hay posiciones divergentes en cuanto a los deseos de retornar a los resguardos o de quedarse en los municipios (Mincultura, 2012; Mahecha y Franky, 2015). A pesar de que la figura de los Nükak ha sido un aliciente para la promoción de la diversidad cultural del Guaviare y del multiculturalismo colombiano, en San José las relaciones interétnicas de comunidades desplazadas Jiw, Tukano y Nükak son complejas porque se han conformado jerarquías que relegan a los últimos de espacios de participación y concertación por su limitado conocimiento del funcionamiento estatal (Del Cairo, 2011).

El desplazamiento ha posibilitado la ocupación del resguardo por parte de distintos actores con sus respectivas economías. Los cultivos de planta de coca de uso ilícito se han propagado porque actores armados ilegales y carteles de narcotráfico direccionan población campesina o colona. Se ha documentado que las disidencias de las FARC comandadas por Gentil Duarte han amenazado y prohibido el retorno de Nükaks desplazados a ciertas zonas del resguardo (Ambiente y Sociedad, 2020). Por otra parte, el avance de la frontera agraria ha instaurado monocultivos de palma africana, eucalipto y otras plantaciones como piña y plátano en las franjas occidental y norte del resguardo (Mongabay, 2020; USAID, 2021), las más afectadas por la penetración de procesos de colonización desde las carreteras San José – Calamar y San José – Charras y desde el río Guaviare y sus afluentes. El resguardo Nükak tiene cerca de 1000 hectáreas sembradas de cultivos ilícitos, la mayor área para un resguardo en la Amazonia (La Silla Vacía, 2023). Los cultivos, lícitos e ilícitos, no solo propician la deforestación, sino que requieren la expansión de la red de trochas que segmenta más el resguardo y las dinámicas espaciales de los Nükak. Tanto como las actividades agrícolas, la ganadería extensiva es causa de deforestación y praderización en la región (USAID, 2021), además de fomentar dinámicas de especulación con los precios de la tierra. Todas estas actividades presionan el avance de la deforestación y la creación de caminos a nuevas áreas. Hay registros de 20 vías con sus respectivas ramificaciones al interior del resguardo (Mongabay, 2020). Dos de ellas, de 62 y 38 kilómetros, son las que más preocupan porque a lado y lado se ve actividad económica y afectaciones ambientales (FCDS, 2020).

Las discrepancias entre población colona campesina e indígenas se complejizan porque en 1997, a la par que amplió el área del resguardo Nükak, el INCORA creó la Zona de Reserva Campesina del Guaviare, que entra en traslape con los límites occidentales del resguardo (La Silla Vacía, 2020; Comisión de la Verdad y Forensic Architecture, 2021). Por ello ambos actores civiles reclaman derechos territoriales sobre áreas disputadas, aunque la deforestación y el avance de cultivos y trochas, asociados a actores armados ilegales o a terceros inversionistas, excede los límites de la zona de reserva (Rutas del Conflicto, 2022). En 2021 la Comisión de la Verdad acompañó un proceso de acercamiento y generación de confianza entre campesinos e indígenas que resultó en un Acuerdo de Voluntades para lograr una convivencia pacífica en la región (Comisión de la Verdad, 2021). Sin embargo, aún representa un reto para la institucionalidad el tratamiento de estas dos poblaciones en un mismo territorio, lo cual revive tensiones entre actores. Por ejemplo, el PNIS suspendió proyectos con campesinos cultivadores de coca porque estaban en área del resguardo y allí no podía operar el programa sin autorización de los indígenas; mientras que para los Nükaks inscritos al programa (principalmente como recolectores) ha tardado la aplicación de los proyectos de sustitución por falta de un enfoque diferencial (Rubiano-Lizarazo et. al., 2022). Por otro lado, la demanda instaurada por la URT en 2023 para lograr la restauración de los derechos territoriales de los Nükak implicaría el desalojo de familias colonas campesinas que han establecido minifundios y economías de subsistencia dentro del resguardo. Las asociaciones campesinas argumentan que llevan allí generaciones, les han hecho mejoras a los predios y dependen de su trabajo para sobrevivir (El Espectador, 2023b).

El resguardo indígena Yaguara II, fue constituido el 22 de febrero de 1995 sobre 146.500 hectáreas de terreno baldío ubicadas entre los municipios de San Vicente del Caguán (Caquetá), La Macarena (Meta) y Calamar (Guaviare). Se creó para beneficiar a 38 familias integradas por 169 personas de los pueblos Pijao, Tucano y Piratapuyo, de acuerdo con el entonces Instituto Colombiano de la Reforma Agraria (Incora), en lo que es quizás el único caso de colonización indígena dirigida por parte del Estado colombiano (Tierra de Resistentes, 2020). La ocupación y desplazamiento de los grupos indígenas del resguardo Yaguara II empezó especialmente porque se encontraban en un corredor de narcotráfico, con lo cual distintos actores armados ilegales buscaban tener control territorial en la zona, situación que se ha repetido en distintos momentos (González, 2012; García, 2017). En la actualidad, las disidencias de las FARC han implementado cultivos de coca para uso ilícito, pese a la prohibición impuesta por los indígenas habitantes del resguardo (Mongabay, 2021). A pesar que los indígenas en distintos momentos han tratado de mantener el control territorial al interior del resguardo con sus diferentes esquemas de gobernanza, la falta de un acompañamiento de entidades del estado de una manera más efectiva, no ha permitido que se tenga dicho control.  

En el resguardo indígena multiétnico Yaguará II, inicialmente conformado por los indígenas de las etnias Tucano, Pijao y Piratapuyos, se han venido presentando distintas situaciones que han generado conflictos socioambientales a lo largo de su conformación. Como parte de las situaciones que se han presentado, han estado los enfrentamientos entre las extintas FARC y las fuerzas militares estatales, como parte del operativo del gobierno de turno “Destructor II” que tenía como objetivo atacar el corredor de narcotráfico que existía en la zona, al igual que era un operativo contra el comandante guerrillero “Mono Jojoy”, muerto en combates en el 2010 (García, 2017). Estas situaciones que acontecieron en ese momento en esa zona, generaron un deterioro ambiental y social, que dieron como resultado que en el 2004 se terminará generando un gran desplazamiento del resguardo de miembros de la etnia indígena Pijao por miembros de las extintas FARC (González, 2012).  Luego en los lugares que dejaron los Pijao se reubicaron indígenas de la etnia Nasa, desplazados también por las extintas FARC, desde el resguardo de Altamira (González, 2012). 

En algunas de las tierras que fueron despojadas a la etnia Pijao, a parte de la llegada de otra etnia indígena, como fueron los Nasa, estuvo el inició de un proceso progresivo y drástico de deforestación en las tierras, al igual que de siembra de cultivos de coca para usos ilícitos. En el 2015 hay unos conflictos interétnicos en donde los Nasa que se habían ubicado en el Yaguará II salen de este resguardo (Sánchez, 2021). Al año siguiente se viene el Acuerdo de Paz, con la salida de las extintas FARC, y la no presencia de entidades del Estado para retomar el control territorial, se comenzaron a dar procesos de acaparamiento y ocupación de tierras de manera ilegal al interior del resguardo por distintos actores, como fueron los grupos armados ilegales, quienes en distintos momentos han vuelto a desplazar a la comunidad, bajo amenaza de reclutar a los menores, no obstante esta situación, algunos pobladores permanecen en el territorio a pesar de la difícil situación de seguridad (Rutas del Conflicto, 2021). Miembros de las comunidades indígenas que fueron desplazados hace dos décadas, han intentado retornar a sus tierras para impedir que aumente la deforestación, pero no cuentan con garantías de seguridad por parte de las instituciones del Estado (Tierra de Resistentes, 2020).

Actualmente el territorio perteneciente al resguardo Yaguara II, hace parte del Registro de tierras despojadas y abandonadas forzosamente que lleva la Unidad de Restitución de Tierras (URT), lo que lo protege de posible enajenación (Tierra de Resistentes, 2020). Dentro de la importancia que se le ha reconocido al resguardo Yaguara II, aparte de ser el lugar donde habitan distintas etnias indígenas, es que constituye parte de uno de los corredores biológicos más importantes entre la Amazonía y los Andes, y la conexión entre los parques naturales Chiribiquete y La Macarena. No obstante, estas situaciones, se ha señalado que hay intereses económicos para conectar el Parque Nacional Natural Sierra de la Macarena con los Llanos del Yarí, donde se ubica el resguardo Yaguara II (Pérez, 2021).  La conexión de estas vías se señala que permitiría el acaparamiento de tierras por medio de la llegada de nuevos colonos de otras partes del país y la explotación agrícola y ganadera en terrenos que hoy son selva espesa. Aunque hay tres importantes ríos —Tunia, Camuya y Yarí— que se interponen para tener una sola vía, pero hay versiones que dicen que es algo que puede cambiar muy pronto (Pérez, 2021).  

Mediante el Auto 0263 del 2017, el Juzgado Primero Civil del Circuito Especializado en Restitución de Tierras de Ibagué (medida cautelar), se le ordenó a las autoridades ambientales regionales correspondientes, así como a Minambiente, que impartiera una estrategia integral inmediata para cesar la tala ilegal del bosque dentro de Yaguará II y judicializar a quienes trafican la madera de allí extraída, para implementar un plan de recuperación ambiental y reforestación (Tierra de Resistentes, 2020). En la nota publicada en el 2020 por Tierra de Resistentes, se señaló que Corpoamazonia indicó que para poder cumplir con la orden del Juzgado Civil de Ibagué, debía contar con acompañamiento de las Fuerzas armadas del Estado, dada la compleja situación de orden público en la zona; pero confirmaron que la situación ambiental es crítica pues se han venido promoviendo quemas para la implementación de ganadería extensiva. Igualmente, en esta nota Cormacarena, expresó la misma necesidad de acompañamiento, para poder cumplir con las obligaciones impuestas. La CDA igual, además de alegar falta de personal suficiente y la amplitud del territorio.

Dentro de las acciones que se están priorizando por parte del gobierno para disminuir la deforestación en esta área están a) la destrucción de la vía ilegal al interior del resguardo (Presidencia, 2023) y  b) el invertir dinero en la implementación de Núcleos de Desarrollo Forestal y de la Biodiversidad (Minambiente, 2023; Presidencia, 2023). Además de estas acciones desde el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural se hizo un acuerdo con Minambiente, para dignificar la labor del campesinado, de los pueblos indígenas y las comunidades negras (Minagricultura, 2023). En este escenario, a través de la constitución de las Zonas de Reserva Campesina en el Amazonas, se está apuntando a reconocer su gobernanza y promover sus sistemas productivos, en donde como parte del acuerdo también se incluye el cumplir las medidas cautelares de la demanda de restitución del pueblo Nukak y resguardo Llanos del Yarí Yaguará II (Minagricultura, 2023). Todos estos compromisos y acciones se espera que contrarresten la deforestación al interior del resguardo, el cual entre el 2021 y 2022 fue uno de los más afectados por el tema de Deforestación (Villamil, 2023). 

De acuerdo a los análisis hechos por FCDS (2019), las imágenes satelitales muestran que en la última década, en especial posterior de los acuerdos de paz, la zona ha perdido 7000 hectáreas de bosque, en varios parches abiertos hechos por terceros ocupantes para el establecimiento de ganadería, cultivos de usos ilícitos y apertura de vías ilegales. Por otra parte, al cruzar la capa de la frontera Agrícola de la UPRA del portal SIPRA 2022, con la capa del resguardo indígena de Yaguara II de la Agencia Nacional de Tierras 2022 del portal “Colombia en mapas”, se observa en el costado occidental del resguardo una sobreposición entre ambas figuras generando ambivalencias en su interpretación. Esta sobreposición de figuras en los territorios fue identificada por los asistentes al taller de diálogo territorial para identificación y caracterización de conflictos socioambientales adelantado en Florencia en el marco del atlas liderado por el instituto Sinchi (2022). Sumado a esto, otra situación que se ha venido dando en la zona, es que en poco más de tres meses, fue construida una vía ilegal de 22,4 kilómetros al interior del Resguardo Indígena Llanos del Yarí – Yaguará II (Guaviare), según lo alertó la Sociedad Zoológica de Frankfurt, a 4 km del Parque Nacional Natural Serranía de Chiribiquete (El Espectador, 2023). 

En respuesta a estos procesos de deforestación que se viene dando en la región,  la apuesta del Gobierno para disminuir la deforestación en lugares como el Resguardo Yaguara II, fue apostarle el desarrollo del proyecto “Contribución a la gestión integral de Yaguará II, núcleo de desarrollo forestal”, en donde el proyecto generó co-beneficios sociales y económicos para la comunidad, fortaleciendo la gobernanza y garantizando la continuidad de los procesos de restauración en el territorio (Prensa Humboldt, 2024). La creación de una guardia indígena y el propósito de que esta se complemente con labores de guardia ambiental es otro de los resultados que demuestran el compromiso de las comunidades que conforman el resguardo con la protección de sus recursos (Prensa Humboldt, 2024).

No obstante, estos avances, contrastan con lo que ha venido sucediendo en torno a un aumento de vías para acaparar tierras y crear lotes para una ganadería que posiblemente está relacionada con lavado de activos (Sociedad Colombiana de Ingenieros, 2025). de acuerdo a la ex Ministra de Ambiente Susanna Muhamad quien resaltó que es necesario avanzar en la investigación criminal: “Si continúa la impunidad frente a los grandes capitales que están detrás de las acciones de deforestación, se incentiva la idea de seguir con este delito porque no hay consecuencias (Sociedad Colombiana de Ingenieros, 2025). La deforestación para esta zona durante 2024-2025 se calcula en 856 hectáreas (MAAP, 2025). Según el Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (Ideam), 102 de los 230 resguardos amazónicos tuvieron una deforestación de 12.081 hectáreas en 2022 (Montero, 2023). De éstas, los territorios más afectados fueron los Llanos del Yari-Yaguará II con 1179 hectáreas deforestadas (Montero, 2023).

De acuerdo a las investigaciones se muestra que en el resguardo indígena Llanos del Yarí-Yaguará II, durante todo 2024 y parte de 2025 se continuó avanzando en una carretera ilegal de 22 kilómetros para facilitar seguir tumbando bosque en esa zona (RPV, 2025). La expansión vial en el área dejó 856 hectáreas de deforestación (RPV, 2025). Según el mapa del reporte, se observa que el camino se extiende por medio del resguardo indígena y a sus costados se evidencia deforestación (RPV, 2025).

Algunas de las nuevas apuestas que se han adelantado desde el Gobierno para prevenir y evitar las afectaciones ambientales a la amazonia, se dio el 16 de marzo de 2025 en Macarena, en la mesa de diálogos de paz, en donde se firmó entre el Gobierno nacional de la República de Colombia y los bloques de Comando Suárez Briseño, Magdalena Medio, Comandante Gentil Duarte y frente Raúl Reyes de las Farc-EP, la declaración de La Macarena, en donde como parte de este documento se señala “… Las delegaciones de la Mesa de Diálogo de Paz comprometidas en este proceso participativo destacamos la contribución de centenares de delegados de asociaciones campesinas, núcleos, organizaciones indígenas, autoridades territoriales de la región que permite convocar a nuevos sectores en este esfuerzo por la transformación territorial que debe acompañar la superación de violencias, conflictividades armadas y patrones de exclusión…” (Declaración de La Macarena, 2025).

Sumado a esto, en esta misma Declaración se indica que “… Las relatorías y conclusiones del Encuentro de la Macarena contienen compromisos trascendentales en defensa de los derechos humanos, la defensa de los derechos de los campesinos en armonía con la defensa de las áreas protegidas y de su biodiversidad. Se ha considerado la situación especial del Parque Chiribiquete, zonas de reserva forestal y de manejo integrado, con criterios que comprometen a los campesinos a ser defensores de la naturaleza y obligan a las entidades públicas a armonizar las estrategias de conservación con los planes de buen vivir y desarrollo sostenible”. (Declaración de La Macarena, 2025).

Este elemento por su alta densidad y su alta volatibilidad, tiene una gran capacidad de transmitirse por todo el ambiente y de afectar la salud humana a través de la respiración y la ingesta de alimentos. La falta de regulación y control sobre esta actividad ha llevado a un aumento desmedido del mercurio tanto en los ríos, en los animales acuáticos y su impacto en la cadena trófica, que hace que este elemento ingrese también al cuerpo humano (SEMANA, 2018). El mercurio se puede transformarse en metilmercurio (CH3Hg), el sexto compuesto más tóxico del mundo como lo indica el Convenio de Minamata (2013). Igualmente, la Organización Mundial de la Salud indica los graves efectos que tiene el mercurio en la salud humana, especialmente en mujeres embarazadas, gestantes y recién nacidos.

Según estudios de la Universidad de Cartagena y de la toxicóloga Liliana Carranza realizados en 2015, los indígenas Miraña y Bora tienen en sus cuerpos los más altos índices de mercurio, registrado en el país. En las comunidades Bora y Miraña ubicadas en los márgenes del río Caquetá cerca al Parque Nacional Canihuarí en la cuenca baja del río Caquetá, se estaban viendo gravemente afectadas, por la contaminación hídrica por mercurio, con los índices más altos de concentración en el cuerpo humano (El Espectador 2022), presentado en sus cabellos concentraciones quince veces más altas del estándar aceptado internacionalmente para la protección de la salud humana. Mas de la mitad de su población está contaminada, los niños nacen con más de seis dedos, con síndrome de Down y síntomas graves en el desarrollo de los niños, afectando a madres gestantes y otros. (Tribunal de Cundinamarca, 2022).

El río Caquetá tiene una longitud de 2.280 kilómetros nace en el macizo colombiano, atravesando el sur del departamento del Cauca, más adelante se convierte en la frontera entre el departamento del Caquetá y el Amazonas para terminar penetrando en el territorio brasilero, dentro de sus principales afluentes se destacan los ríos Yari, Orteguaza, Caguán y Apaporis. A lo largo de sus caudales varios pueblos indígenas y sus familias, al igual que comunidades campesinas y otros viven de la pesca y la navegación de sus aguas.Existen 6 comunidades o concentraciones de población a lo largo del río Caquetá dentro y fuera del límite meridional del Parque Canihuarí. Dos de ellos, San Francisco y Las Palmas están situados sobre la banda derecha del río (Resguardo Predio Putumayo y Parque Nacional), los cuatro restantes: Santa Isabel, Solarte, Puerto Remanso del Tigre y María Manteca o Mariápolis, están situados en la margen izquierda (Resguardo del Mirití Paraná). (Parques Nacionales)

El uso del mercurio como parte de la minería ilegal de extracción aluvial de oro, ha causado una contaminación en diversas fuentes hídricas de la Amazonia y se destaca especialmente la contaminación del río Caquetá a lo largo de su curso(García, 2017; Uniminuto 2020). Por su alta densidad y su alta volatibilidad, éste químico tiene una gran capacidad de transmitirse por todo el ambiente, por lo que ha afectado seriamente el bienestar de las fuentes hídricas, los animales, la vegetación y la salud humana. La falta de regulación y control sobre esta actividad ha llevado a un aumento desmedido del mercurio tanto en los ríos, y en los animales acuáticos, impactando la cadena trófica, que hace que este elemento ingrese también al cuerpo humano (SEMANA, 2018). La minería ilegal de oro genera impactos irreversibles en el medio ambiente, en la salud humana y en las prácticas culturales de los pueblos indígenas y de las comunidades campesinas y ribereñas, al transformar la relación de éstas con las fuentes hídricas afectadas.

Las poblaciones se han visto fuertemente afectadas ya sea por el consumo de alimentos contaminados con este químico o por la inhalación de vapores de Hg producidos, lo cual provoca problemas en los sistemas nervioso, digestivo e inmunológico del ser humano, siendo las mujeres gestantes y los recién nacidos la población más visiblemente afectada por las malformaciones que se presentan. Igualmente como se indica en el expediente T-253/16 remitiéndose a la tutela interpuesta por el Director Nacional de Recursos y Acciones Judiciales de la Defensoría del Pueblo contra el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, el Ministerio de Minas y Energía y la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Sur de la Amazonía Corpoamazonía, donde se indica que el mercurio además de los daños mencionados “incluye daño a los pulmones, náuseas, vómitos, diarrea, aumento de la presión arterial o del ritmo cardíaco, erupciones en la piel e irritación ocular. Agrega que las exposiciones crónicas al mineral afectan de forma sistémica al organismo generando cambios y afectaciones permanentes en diferentes órganos y funciones y, además, alteraciones sensitivas y motoras en el sistema nervioso central y en el cerebro, particularmente durante la infancia y la etapa prenatal, debido a que el mercurio tiene la capacidad de traspasar rápidamente la barrera placentaria cuando el feto está en formación o ingresar al organismo a través de la ingesta de leche materna”. Este químico, usado con frecuencia en la explotación minera, puede transformarse en metilmercurio (CH3Hg), el sexto compuesto más tóxico del mundo, que también penetra a los llamados ríos voladores, corrientes o flujos aéreos de agua en forma de vapor que se trasladan por el viento y de esta manera éste toxico es transportado por todo el ecosistema y bioma de la selva Amazónica. A nivel ambiental son evidentes los estragos como la contaminación de ecosistemas, la afectación de la cadena nutritiva de las especies animales de ecosistemas afectados, la afectación del fitoplancton, la piel y vías respiratorias de los animales entre otros. Es conclusión el impacto del mercurio sobre la salud y el medio ambiente es de gran magnitud y alcance pues es un metal que se queda circulando en el aire, el agua y los suelos.

El río Caquetá al igual que otras importantes fuentes hídricas de la Amazonia, se encuentran en un estado delicado de contaminación (Tribunal Administrativo de Cundinamarca, 2022, Semana 2018, El Espectador 2022, El Espectador 2020). Principalmente han sido los pueblos indígenas los más afectados con esta situación, debido a la relación cultural y tradicional que tienen con su entorno, igualmente las comunidades ribereñas quienes viven directamente de las aguas de este río se han visto gravemente afectadas. Los indígenas habían dado a conocer la llegada de dragas interesadas en la extracción de oro, por personas llegadas de Brasil, Putumayo, Caquetá y Antioquia, expresando una alerta sobre la minería que estaba encareciendo la vida en la selva y generando tala de árboles, transformando la vida selvática, ya que la maquinaria minera afecta también los sitios sagrados de éstos pueblos (Mongabay, 2021). También es importante destacar que existe a nivel internacional un llamado y alerta sobre el uso de este químico, el Convenio de Minamata adoptado en 2013 y ratificado por Colombia en 2019, es justamente un tratado de carácter internacional que busca eliminar el uso de mercurio por tratarse de un metal completamente nocivo para la salud humana. De otro lado la ley 1658 de 2013 que desde el pasado julio entró en vigencia rechaza el uso del químico en la minería colombiana.

En 2022 el Tribunal Administrativo de Cundinamarca determinó un fallo ordenando a la Presidencia de la República y a tres ministerios (Ministerio de Ambiente, Ministerio de Salud, Ministerio del Interior) erradicar la extracción ilícita de minerales en la cuenca del rio Caquetá, debido a la situación que viven los indígenas Bora y Miraña por los altos niveles de concentración de mercurio (El Espectador, 2020). El tribunal ordena de manera inmediata erradicar la minería ilegal en la cuenca del río Caquetá con un plazo máximo de tres años. El gobierno y Corpoamazonia deben realizar dos mediciones por año de las concentraciones de mercurio en el agua y peces del afluente, y cada tres años los niveles de contaminación por mercurio deben reducirse un 33%. Así mismo un estudio liderado en 2015 por la Universidad de Cartagena, determinó las altas concentraciones de este metal en las comunidades indígenas de los pueblos Miraña y Bora, a partir de un estudio de toxicología que encontró los más altos niveles de mercurio en el cuerpo humano, 7 partes por millón, cuando la OMS sugiere que no deben pasar del 1ppm. Igualmente se encontraron seis especies de pescados en el río Caquetá que presentaron valores de concentración de mercurio, que superaban el máximo propuesto internacionalmente para proteger la salud de las personas, por lo anterior desde 2015 se restringió su consumo por alta peligrosidad para la salud humana (El Espectador 2020 ). A partir de varios estudios y denuncias se expuso que la comunidad Bora y Miraña, estaban envenenando su cuerpo tanto por vía respiratoria como por vía oral con mercurio, afectaciones que además han sido denunciadas varias veces, desde el año 2000. Sumado a lo anterior se han denunciado daños ecológicos y culturales causados por la extracción de oro en zonas sagradas de estos pueblos indígenas (El Espectador, 2020). La actividad minera vulnera los derechos fundamentales al territorio, a la supervivencia física y cultural, a la salud, al acceso al agua y a un medio ambiente sano, entre otros.

En este sentido se destaca que éste conflicto ambiental, está principalmente evidenciado a partir de diferentes procesos de litigio jurídico que se destacan desde el 2015 con la tutela interpuesta por el Director Nacional de Recursos y Acciones Judiciales de la Defensoría del Pueblo contra el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, el Ministerio de Minas y Energía y la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Sur de la Amazonía, Corpoamazonía (Expediente T-5364540) , en la cual se indicaba que los indígenas Bora y Miraña estaban soportando en sus cuerpos cantidades inhumanas de mercurio, y solicitaba la protección de los derechos fundamentales a la salud, al agua y a la integridad de los pueblos indígenas y el principio del interés superior del menor indígena de las comunidades que integra la Asociación de Autoridades Indígenas del Pueblo Miraña y Bora del Medio Amazonas – Asociación PANI, así como de otros pueblos indígenas vinculados a la cuenca. Posteriormente a la tutela el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, mediante sentencia de septiembre 16 de 2015, declaró improcedente la acción de tutela al advertir falta de legitimación en la causa por activa del Director Nacional de Recursos y Acciones Judiciales de la Defensoría del Pueblo. Posteriormente respecto a la segunda instancia, la Sección Quinta del Consejo de Estado, mediante sentencia de diciembre 03 de 2015, confirmó el fallo de primera instancia, luego de compartir las consideraciones del Tribunal Administrativo de Cundinamarca. Finalmente la Corte Constitucional con la sentencia T-253/16, también declaró improcedente la acción de tutela presentada por el Director Nacional de Recursos y Acciones Judiciales de la Defensoría del Pueblo. En este sentido el proceso de litigio negó la tutela como el mecanismo más idóneo para la protección de los pueblos Bora y Miraña de la Asociación PANI. Sin embargo, el demandante impugnó y el proceso se reactivó (Tribunal Administrativo de Cundinamarca)

Sin embargo, en 2022 el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, a través una Sentencia ordenó al Estado colombiano erradicar la minería ilegal en el río Caquetá y los afluentes en donde habitan las comunidades indígenas Bora y Miraña (El Espectador 2022). La sentencia se da en respuesta a la acción popular interpuesta por el Procurador 29 Judicial II Ambiental y Agrario, en representación de las comunidades indígenas Miraña y Bora con jurisdicción en el Amazonas quién había presentado una acción de tutela con el fin de que se protegieran los derechos fundamentales a la vida, identidad cultural, integridad cultural y territorial y seguridad alimentaria de las comunidades antes mencionadas. Sin embargo, afirma la Comisión Intereclesial de Justicia y Paz que “Mientras que la minería ilegal avanza a pasos agigantados, las tutelas y acciones populares interpuestas para proteger la Amazonia reposan por años en los escritorios de los estrados judiciales, hecho que pone en riesgo la preservación de esta región y la vida de sus habitantes”.